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Das Höchstspirituelle Institut ist nach dem Ōkimi die zweithöchste Autorität in allen Belangen des Glaubens der Acht Himmelskreise. Das Institut legt nach Maßgabe des Ōkimis die Verehrungspraktiken fest und gibt die Vorgaben zur Priester- und Mikoausbildungen heraus. Ebenso wird die Prüfungskommission am Ende der Ausbildungszeit durch das Institut gestellt. Da die Priester- und Mikoausbildung zum größten Teil an den Schreinen stattfindet, befinden sich die Kandidaten nur ein bis zwei Jahre am Institut, deshalb sind die meisten der Institutsangehörigen Gelehrte, Priester oder Gastgelehrte, welche ihren Aufenthalt zu Fortbildungs- und Diskussionszwecken nutzen. Das Seishin-sei no takai kenkyūjo pflegt das Rangsystem der Schreine und Götter ebenso ob liegt ihm die Feststellung ob eine Chiiki no kami (Regionale Gottheit) zu einem Samayō kami (Wandernden Gott) aufgestiegen ist, welcher nun zwischen den Himmelskreisen reisen kann und schlägt die entsprechende Anerkennung der Erhöhung der Schreinehre und des Ranges beim Ōkimi vor.
Als Beratungs- und Kontrollgremium besteht ein Institutsbeirat in dem die Vertreter der Schreine der Hauptgötter, die Vertreter der Schreine des ersten und zweiten Ranges sowie Vertreter der zehn wichtigsten Regionalschreine. Traditionell ist der Hauptpriester des Ishū Daijingū und somit der Vorsitzende der Taiyō-Sekte der Direktor des Institutes.
gegenwärtiger Direktor: Mimaki no miya Takahiro-ō